厚生労働省では、「新型コロナウイルスに関するQ&A（企業の方向け）」を公表していますが、これの令和2年4月10日時点版が公表されています。
今回の更新で、問題となっている「緊急事態宣言や要請・指示を受けた事業の休止に伴う休業」に関するQ&Aが追加されています。
たとえば、次のようなものです。

問　新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づく緊急事態宣言や要請・指示により、事業を休止し、労働者を休業させる場合、どのようなことに注意すべきですか。
答　新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づく緊急事態宣言や要請・指示により事業を休止し、労働者を休業させる場合であっても、労使がよく話し合って、休業中の手当の水準、休業日や休業時間の設定等について、労働者の不利益を回避する努力をお願いします。
また、労働基準法上の休業手当の要否にかかわらず、経済上の理由により事業活動の縮小を余儀なくされた事業主に対しては、雇用調整助成金が、事業主が支払った休業手当の額に応じて支払われます。今般の新型コロナウイルス感染症の影響を踏まえ、全国において、解雇等を行わず、雇用を維持する企業に対して、正規雇用・非正規雇用にかかわらず、助成率を中小企業は90％、大企業でも75％に引き上げるなどのさらなる特例措置を講じており、事業主の皆様を積極的に支援していきます。

問　新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づく緊急事態宣言や要請・指示を受けて事業を休止する場合、労働基準法の休業手当の取扱はどうなるでしょうか。
答　労働基準法第26条では、使用者の責に帰すべき事由による休業の場合には、使用者は、休業期間中の休業手当（平均賃金の100分の60以上）を支払わなければならないとされています。不可抗力による休業の場合は、使用者に休業手当の支払義務はありませんが、不可抗力による休業と言えるためには、
①その原因が事業の外部より発生した事故であること
②事業主が通常の経営者としての最大の注意を尽くしてもなお避けることができない事故であること
という要素をいずれも満たす必要があります。
①に該当するものとしては、例えば、今回の新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づく緊急事態宣言や要請などのように、事業の外部において発生した、事業運営を困難にする要因が挙げられます。 　
②に該当するには、使用者として休業を回避するための具体的努力を最大限尽くしていると言える必要があります。具体的な努力を尽くしたと言えるか否かは、例えば、
　・自宅勤務などの方法により労働者を業務に従事させることが可能な場合において、これを十分に検討しているか
　・労働者に他に就かせることができる業務があるにもかかわらず休業させていないか
といった事情から判断されます。
したがって、新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づく緊急事態宣言や、要請や指示を受けて事業を休止し、労働者を休業させる場合であっても、一律に労働基準法に基づく休業手当の支払義務がなくなるものではありません。
（疑問点等があれば、お近くの労働局及び労働基準監督署に御相談ください。）

休業の要請などをされても、休業を回避する努力が求められるということで、違和感のある回答ですが、労働者にできるだけ休業手当を支払うようにという意向も分かりますし・・・
結局、今のところ、統一した基準を示しきれないようで、個別相談になってしまうといったところのようです。
詳しくは、こちらをご覧ください。
＜新型コロナウイルスに関するQ&A（企業の方向け） 令和2年４月１０日時点版＞
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/dengue_fever_qa_00007.html#Q4-1