未払残業代請求と労働基準法施行規則１９条１項４号の違反に対する考え方について教えてください。
相談内容
従業員より未払残業代請求を受けました。
時間外労働を計算するに当たって、労働基準法施行規則１９条１項４号で「月によって定められた賃金については、その金額を月における所定労働時間数（月によって所定労働時間数が異なる場合には、一年間における一月平均所定労働時間数）で除した金額」とされており、１ヶ月変形を採用していますので、施行規則通りなら平均の所定労働時間を用いて計算することになりますが、当該事業所は、就業規則にはその月の所定労働時間数を用いる定めがあり、計算も就業規則通りにしています。
今回の請求は、一月の平均所定労働時間数が１７３．３であるところ、暦日で３１日ある所定労働時間数１７７．１の月の残業単価が、平均を用いた場合より低くなるので、そこの未払分を払えという内容です。
所定労働時間が平均より少ない月（平均を用いた場合より単価が高い月）は、そもそも労働基準法施行規則違反なのでそこの返還はありえないとの主張をされております。
今回の場合、労働基準法施行規則違反で、就業規則は無効で、主張通りの支払いの必要がありますでしょうか？また、施行規則の違反をどこまで捉えていけばよいかご指導お願い致します。
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