国税庁から、『「国税における新型コロナウイルス感染症拡大防止への対応と申告や納税などの当面の税務上の取扱いに関するFAQ」に「企業が従業員の感染予防対策費用を負担した場合の取扱い」を追加しました』というお知らせがありました（令和3年5月31日公表）。

追加されたFAQは、次のようなものです（5の問9-5）。

《企業が従業員の感染予防対策費用を負担した場合の取扱い》〔令和3年5月31日追加〕
当社では、新型コロナウイルス感染症に関する感染予防対策として、従業員が負担した次のような費用を従業員に支給する予定ですが、このような費用の支給については、従業員に対する給与として課税対象となりますか。

また、このような費用の支給は法人税の損金の額に算入できますか。
1　マスク、石鹸、消毒液、消毒用ペーパー、手袋などの消耗品の購入費
2　従業員の自宅に設置する間仕切り、カーテン、椅子、机、空気清浄機などの備品の購入費
3　感染が疑われる場合のホテル等の利用料・ホテル等までの交通費など
4　PCR検査費用、室内消毒の外部への委託費用など

●所得税について
ご質問の費用の支給に係る従業員の所得税の課税関係については、それぞれの費用の事実関係によって、次のとおりとなります。
1　マスク、石鹸、消毒液、消毒用ペーパー、手袋などの消耗品の購入費
〇業務のために通常必要な費用（例えば、勤務時に使用する通常必要なマスク等の消耗品費）について、その費用を精算する方法（従業員からその費用に係る領収証等の提出を受けて、その費用を精算する方法（以下同じです。））により、企業が従業員に対して支給する一定の金銭については、従業員に対する給与として課税されません（企業がマスク等を直接配付する場合も同様です。）。
〇ただし、業務のために通常必要な費用以外の費用（例えば、勤務とは関係なく使用するマスク等の消耗品費）について支給するものや、従業員の家族など従業員以外の者を対象に支給するもの、予め支給した金銭について業務のために通常必要な費用として使用しなかった場合でもその金銭を企業に返還する必要がないもの（例えば、企業が従業員に対して毎月5,000円を渡切りで支給するもの（以下同じです。））は、従業員に対する給与として課税対象となります。
2～4　ここでは省略

●法人税について
ご質問の費用の支給に係る企業の法人税の課税関係については、原則として、消耗品費、旅費交通費等や給与として損金の額に算入できることとなります。

他のFAQにも参考になるものがあると思われますので、最新版をご確認ください。
＜「国税における新型コロナウイルス感染症拡大防止への対応と申告や納税などの当面の税務上の取扱いに関するFAQ」に「企業が従業員の感染予防対策費用を負担した場合の取扱い」を追加しました（令和3年5月31日）＞
≫　https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/kansensho/faq/index.htm